V roce 1500 vznikl na ostrově maorský sultanát. O tři roky později byl Mayotte objeven portugalskými mořeplavci, ti ho ale nekolonizovali. Roku 1832 byl ostrov dobyt bývalým králem Iboinie (Madagaskar)
zvaným Andriantsoly. V následujících letech byl Mayotte dobyt ještě několikrát, roku 1833 sultanátem ze sousedního Mwali a v roce 1835 sultanátem Ndzuwani. Konečně roku 1836 získal ostrov nezávislost a do čela se postavil místní sultán. Roku 1843 byl Mayotte připojen k Francii společně s Komorskými ostrovy. Mayotte
byl v roce 1973 a 1976 jediným ostrovem, který v referendu rozhodl, že chce
zůstat součástí Francie. Nicméně Komorské ostrovy si na Mayotte činí nárok,
dokonce roku 1976 schválili svou svrchovanou vládu nad Mayotte. Toto rozhodnutí
Francie naposledy vetovala v roce 2004. Od roku 2001 byl Mayotte postaven na úroveň jednotlivých francouzských departmentů, v referendu se pro tuto změnu vyslovilo 73% obyvatel ostrova.